Los mosaicos realizados por Edward Coley Burne-Jones (1833-1898) y colocados en el ábside y en el coro constituyen la gloria de San Pablo y su valor artístico ha sido ampliamente reconocido tanto es así que esta iglesia ha sido designada Monumento Nacional por el Gobierno Italiano.

Burne-Jones, en 1881 se refería a ellos de la siguiente manera: "me ocupé de mi mosaico romano como una tarea importante aunque ingrata visto que nadie demuestra interés alguno por él, pero yo lo he hecho como reminiscencia di tantos amores vividos en mi experiencia de artista, como el amor por Venecia y por Florencia, los siete impenetrables países que se encuentran entre ellos, por la virtud de muchos estudios antiguos y tantas otras cosas que yo aprecio, como el Talmud y Santo Tomás de Aquino y un sinfín de otras cosas". La señora Burne-Jones escribía en sus memorias que su marido Edward era capaz de trabajar en sus diseños incluso los domingos.

La Anunciación
En la parte externa del primer arco, de frente del ábside, se encuentra representada la Anunciación según una antigua leyenda. Allí se ve a María en el desierto al exterior de los muros ciudadanos mientras extrae el agua de una fuente. Al dirigirse hacia su la casa, un ángel le saluda. Burne-Jones decidió de representar esta escena en el momento antes del ocaso cuando el cielo el cielo se tiñe de rojo, el momento del ángelus. En el ángulo inferior izquierdo, se ve un pelicano, que durante el medioevo era el símbolo de Cristo ya que según una creencia popular este pájaro suele desgarrarse el pecho con su pico para alimentar a sus crías hambrientas. Debajo de esta escena están escritas las palabras de Gabriel "Gloria a ti que tienes el favor de Dios, Dios está contigo" (Lucas 1:28) y la respuesta de María "Aquí está la esclava del Señor el cual está cerca de mí conforme a su palabra." (Lucas 1:38).

El árbol del Perdón
En el segundo arco más arriba del coro, Burne-Jones representó el árbol del perdón. Cristo, con las manos vigorosamente extendidas, se encuentra suspendido delante del árbol verde de la sabiduría del bien y del mal. A un lado está Adán y al otro Eva con su primogénito. Los cardos de los cuales brotan los lirios simbolizan la dureza del trabajo humano que dan lugar a sus divinas posibilidades y que se concretizan en la historia de la anunciación. Debajo de esta figura se encuentra la frase escrita en latino "En el mundo tu estás para sufrir, pero debes mantener tu fortaleza visto que yo he vencido al mundo". (Lucas 1:38)

Cristo en la Gloria
El gran mosaico en la parte posterior del ábside representa Cristo el Señor en la Gloria. En la parte superior, en contraste con el azul del cielo se entrevé una lúcida visión de los Ángeles. Debajo en su trono se encuentra Jesucristo rodeado por querubines y serafines. Él tiene en su mano izquierda el globo terrestre mientras su mano derecha se levanta con el gesto de la bendición. De sus pies fluyen las aguas de la vida y el trono "esta circundado por un arco iris" (Revelación 4). En ambos lados de Cristo se despliegan los arcángeles, cada uno de ellos, den frente a las puertas del paraíso. Una de ellas, a la derecha de Cristo está vacía, lo que nos recuerda de la caída de Lucifer del paraíso. Debajo de esta representación majestuosa se despliega el firmamento, en el que se lee la inscripción en hebreo: "Al principio Dios creó el cielo y la tierra". (Génesis 1:1) y en griego: "Al principio Dios fue la palabra y la palabra estaba con Dios". (John 1:1). Más abajo se encuentran numerosos ángeles graciosos que separan el cielo de la tierra y en el margen inferior se halla el Triunfo de la Iglesia.

La Iglesia en la Tierra
Hacia el fondo de la Ciudad Eterna, se encuentra un grupo de cinco personas que representan las varias clases o funciones que durante la historia han constituido la Cristiandad. En la parte extrema izquierda se ven los ascetas, los profetas en la vida de la Iglesia. De estos, sólo se puede reconocer claramente a San Francisco con sus estigmas. A su lado un grupo de matronas que representan el servicio de Dios en la vida común. Se reconocen a Martha con sus llaves y a María Magdalena con su cajita de ungüentos.

El grupo mayor en el centro representa las grandes figuras eclesiásticas del pasado de la Iglesia, con cinco padres de la iglesia oriental y cinco de la occidental, con al frente San Pablo vestido con una casulla (en su tiempo un tipo de abrigo que suele usarse hoy en la iglesia católica durante la celebración de la sagrada comunión).

A la derecha de este grupo se encuentran la Virgen y los Santos, entre ellos los mártires Santa Catalina, Santa Bárbara, Santa Cecilia, Santa Dorotea y Santa Inés. Por fin, a la derecha, se ven los guerreros de la fe que representan los baluartes de la paz y de la estabilidad. Estos son santos de varios países como San Jorge de Inglaterra, San Jaime de España, San Patricio de Irlanda, San Andrés de Escocia y San Denis de Francia.

La parte inferior resulta particularmente interesante ya que el artista, en conformidad con la tradición del Renacimiento, emplea retratos de personas de su tiempo para representar a las figuras deseadas. Por ejemplo, San Ambrosio que está situado en la parte extrema del cuadro central está diseñado con la cara de J.P. Morgan, quién de alguna manera, ofreció su contribución para la construcción de la iglesia. A su vez, San Agustín, a la derecha de San Pablo tiene el rostro del Arzobispo Tait, Arzobispo de Canterbury. Entre los guerreros se puede individuar el General Grant (en el 1873 Presidente de los Estados Unidos), el General Garibaldi y con un casaca verde, Abraham Lincoln.