I mosaici dell'abside e del coro costituiscono l'orgoglio della chiesa e tale è il loro valore artistico che il governo italiano li ha dichiarati monumento nazionale.

L'Annuncazione

L'Albero del Perdono

Sulla seconda arcata sopra il coro è rappresentato l'albero del perdono. Cristo, con le mani tese e aperte, è sospeso sul verdeggiante sfondo dell'albero della conoscenza del bene e del male. Da una parte c'è Adamo, e dall'altra c'è Eva con il loro primogenito. I cardi dai quali nasce il giglio simboleggiano la fatica dell'uomo, fatica che conquista le sue possibilità divine, che sono concretizzate nella storia dell'Annunciazione. Sotto la scena c'è scritto in latino: "Nel mondo voi avrete afflizioni; ma fatevi coraggio: io ho vinto il mondo." (S. Giovanni 16:33).

Il grande mosaico principale dell'abside rappresenta il Cristo in Gloria. Sopra, sul fondo del cielo si intravede la visione abbagliante degli angeli. Sotto è seduta la figura maestosa di Cristo sul trono sostenuto dai cherubini a dai serafini. Cristo tiene nella mano sinistra l'orbus terrarum e alza la mano destra in segno di benedizione. Dai piedi sgorgano i fiumi di acqua viva e "il trono è circondato da un'iride" (Apocalisse 4:3). Sui lati stanno gli arcangeli, ognuno davanti ad una porta del Paradiso. Dalla parte destra, una rimane libera, per ricordarci della caduta dal Paradiso di Lucifero. Al di sotto di questa scena imponente, compaiono le acque sotto il firmamento attraverso quale corre la iscrizione in ebraico: "In principio Dio creò il cielo e la terra." (Genesi 1:1) ed in greco: "In principio era il Verbo e il Verbo era presso Dio, e il Verbo era Dio." (S. Giovanni 1:1). Più sotto si trova una fila di angeli graziosi che separono le acque; in fondo vediamo la Chiesa Trionfante.

Davanti a questo sfondo della Città Celeste, troviamo cinque gruppi di persone che rappresentano le varie classe o funzioni che hanno storicamente sostituito il Cristianesimo. All'estrema sinistra ci sono gli asceti, cioè l'elemento profetico nella vita della Chiesa; tra essi solo S. Francesco d'Assisi, che riceve le stigmate è facilmente identificabile. Segue un gruppo di donne che rappresenta il servizio di Dio nella vita quotidiana. Tra esse si può distinguere Marta con le sue chiavi e la Maddalena con la scatola di unguento.

Il gruppo principale al centro è composto delle figure ecclesiastiche più importanti della Chiesa nel passato, cinque padri della chiesa orientale e cinque di quella occidentale, con davanti S. Pietro che indossa una casula (indumento quotidiano di quei tempi, usato oggi dai sacerdoti della chiesa cattolica nella celebrazione della Santa Eucaristia).

A destra troviamo la Vergine e i Santi, tra essi le martiri S Caterina, S. Barbara, S. Cecilia, S. Dorotea, e S. Agnese. All'estrema destra si trovano i guerrieri cristiani che rapprentano il baluardo della pace e del governo stabile. Qui troviamo le figure dei santi padroni di vari paesi: S. Giorgio d'Inghilterra, S. Giacomo di Spagna, S. Patrizio d'Irlanda, S. Andrea di Scozia e S. Denis di Francia.

Questa parte inferiore è particolarmente interressante in quanto l'artista, seguendo la tradizione rinascimentale, ha ritratto dei personaggi dei propri tempi rappresentati in veste di santi. Per esempio, all'estrema destra del gruppo centrale, S. Ambrosio ha il volto di J.P. Morgan, che ha contributo alla costruzione della chiesa; e S. Agostino alla destra di S. Paolo ha il profilo dell'arcivescovo Tait di Canterbury. Tra i guerrieri, possiamo distinguere il Generale Grant (Presidente degli Stati Uniti nel 1873), Giuseppe Garibaldi e Abramo Lincoln (con la tunica verde).